В повести рассказывается о разрушительной борьбе между старым и новым миром. Затопление Матёры символизирует разрушение многовековых традиций, пренебрежение к своему прошлому. Андрей и Клавка покидают свои дома и родной край без сожалений. Эти персонажи демонстрируют трагичный разрыв нового поколения со старым. Они уже не ощущают своих «корней», поэтому покидают Матёру в надежде найти лучшую для них жизнь.
Представители старого мира наоборот не могут смириться с тем фактом, что необходимо покинуть место, где прошла вся жизнь. Особенно сильно это выражено в эпизоде, когда рабочие раскапывают кладбище перед затоплением Матёры и пытаются уничтожить царский листвень. То, что священно для стариков, для человека нового времени представляется мусором, подлежащим к очистке. Люди, проживающие в Матёре, тоже остаются никому не нужными (эвакуация жителей происходит своими силами), а маленькая деревенька со своей неповторимой историей превращается в безымянное водохранилище. Не остаётся даже памяти о старой жизни.
