События романа происходят в Москве, на Патриарших прудах. Поэт Иван Бездомный и председатель МАССОЛИТа Михаил Александрович Берлиоз встречают странного незнакомца по имени Воланд, который прерывает разговор двух товарищей рассказом о Понтии Пилате и предрекает скорую смерть Берлиозу. Слова Воланда становятся пророческими. Переходя дорогу, Берлиоз поскользнулся на масле, которое пролила Аннушка и попал под трамвай.
Воланд и его свита приехали в столицу, чтобы поселиться в квартире покойного Берлиоза. В Варьете, они устраивают публичное представление своих магических способностей из-за которых, директор Варьете Степан Лиходеев оказывается в Ялте, а Иван Бездомный после предсказанной смерти своего товарища, попадает в психиатрическую больницу.
В больнице Иван Бездомный знакомится с Мастером и его романом о Понтии Пилате. Мастер был разочарован очередным отказом в публикации своего романа и сжёг рукопись. Маргарита, возлюбленная Мастера была готова продать душу, чтобы вновь увидеть любимого. Азазелло, слуга Воланда дарит Маргарите волшебный крем, который способен превратить ее в ведьму. Воспользовавшись кремом, Маргарита мстит критику Латунскому за Мастера и сожженную рукопись. Воланд предлагает Маргарите стать хозяйкой бала Сатаны. "Установилась традиция, что хозяйка должна непременно носить имя Маргариты. Сто двадцать одну Маргариту обнаружили мы в Москве — ни одна не подходит". Вскоре Воланд возвращает ей возлюбленного, а также сожженную рукопись.
Параллельной сюжетной линией романа является рассказ о Понтии Пилате и казни невинного философа Иешуа Га-Ноцри, который предрекал идеи свободы и смены власти. Страх перед первосвященником Каифой склоняет Пилата к решению казнить Иешуа. После этого, римский прокуратор Понтий Пилат испытывает тяжелые душевные муки. Апофеозом событий становится явление Левия Матвея к Воланду с просьбой отпустить Мастера и Маргариту. На черных конях Мастер и Маргарита и Воланд со своей свитой скрываются под покровом ночи.
